Fanø er en af ​​Danmarks yngste øer. Hundrede procent skabt af sand i kombination med hav, vind og strøm.

På Fanø er  85 procent af kommunens areal naturområder.  Den overvejende del af naturområderne er enten fredede eller udpegede og beskyttet af EU's habitatdirektiv. Heri indgår også naturtyper beskyttet af Naturbeskyttelseslovens paragraf 3, som moser, heder, søer, enge og overdrev. 

På Fanø er der flere større naturområder fredet. Den sidste fredning på Fanø skete i 1985 og er den såkaldte Fanø Syd fredning. Den består af et ca. 1.200 hektar stor naturområde bestående af strand, klitter, hede og kær. 

Fanø en del af Nationalpark Vadehavet. Den danske del af Vadehavet blev i 2014 optaget på UNESCO's Verdensarvsliste.